Witam,
Czy r2księga umożliwia kompleksowe rozliczenie wpłat na IKZE i ew. wygenerowanie PIT/O czy mając wpłaty na IKZE trzeba ręcznie wypełniać PIT (u mnie PIT 36L)?

Tak, wypełniamy ręcznie, ponieważ ulga z tytułu wpłat na IKZE (Indywidualne Konto Zabezpieczenia Emerytalnego) zamieszczona jest na załączniku PIT/O, którego program nie obsługuje.
W przypadku konieczności wypełnienia załącznika albo pola do zeznania podatkowego rocznego, które nie jest obsługiwane w programie, z poziomu okna e-Deklaracja PIT-36L opcja Zapisz e-deklarację do pliku umożliwia zapisanie deklaracji wraz z innymi dostępnymi załącznikami w postaci pliku z rozszerzeniem .xml w dowolnej lokalizacji na dysku. Dzięki takiemu rozwiązaniu można zapisany plik zaimportować do formularzy interaktywnych dostępnych na stronach Ministerstwa Finansów uzupełniając potrzebne informacje.